合成水晶成分和結(jié)構(gòu)與天然水晶完全相同，特別是當(dāng)水晶內(nèi)部非常干凈，看不到任何特征時連實(shí)驗(yàn)室鑒定都有一定困難必須借助大型儀器。這種情況僅靠肉眼和十倍放大鏡等便攜儀器是很難區(qū)分天然和合成水晶的。但也有一個不太好用的方法，那就是把待測水晶放置在常溫下待其溫度穩(wěn)定后用手感覺其冰涼的程度。一般來講，天然水晶更涼，而合成水晶或玻璃有溫感。但此法受天氣和環(huán)境影響較大，冬天不適用。而且因?yàn)閭€人對溫度的感覺有差異，所以只是個輔助鑒定手段。
但多數(shù)天然水晶中都會存在或多或少的內(nèi)含物，就是行家常說的棉、綹、云霧、礦物包體等，形成綠幽靈，各色發(fā)晶等品種，一派生機(jī)勃勃。而合成水晶就比較干凈，但有時也會出現(xiàn)一些特征。出現(xiàn)下列特征之一的，即可確定為合成水晶：
（1）一段時間不擦的玻璃桌面上會落一層灰，這個現(xiàn)象大家想必都見過吧。如果在水晶內(nèi)部看到類似"桌面灰塵"狀的現(xiàn)象，就是說晶體里有很多非常細(xì)小的灰色或白色小點(diǎn)點(diǎn)沿一個平面或幾個平行的平面分布，而晶體的其余部分又非常干凈。那基本上這就是合成水晶了。
（2）合成水晶中有時會有一些非常細(xì)的空管狀包裹體，這些空管也是基本平行的，有時會通到表面，也可能是一頭大一頭小，像釘子一樣的。這也只有合成水晶才有，可能是合成時的一些熔劑殘余。
（3）天然的水晶基本上沒有綠色的，或者說極為罕見。像綠幽靈、綠發(fā)晶等品種，里面的包裹體是綠的，但水晶本身還是無色透明的。所以市場上出現(xiàn)的大量綠色透明的水晶，顏色基本都是處理的，而且多數(shù)本身是合成水晶。玻璃很便宜的仿品，可以有各種顏色，有時還能做成半透明的，相對好鑒別一些。
